上海中医药大学中医基础理论学科成立于上世纪七十年代后期，进入八十年代以后，开始领先于全国，其标志是于1990年成为上海市重点学科，成立了全国首家以分子生物学技术为主要研究手段的实验室（2003年该实验室批准为国家中医药管理局三级实验室）；1993年，中医基础理论学科成为国家中医药管理局重点学科（之后于2001年、2012年再次入选国家中医药管理局重点学科）。学科1981年成立硕士点、1986年成立博士点、1995年成立博士后流动站。目前，学科属国家理科基础科学研究和教学人才培养基地中医基础教学团队。

学科带头人方肇勤教授是中华中医药学会中医基础理论专业学会副主任委员和上海市中医基础学分会主任委员，国家理科基础科学研究和教学人才培养基地中医基础教学团队带头人，国家中医药管理局中医基础理论重点学科带头人，国家中医药管理局三级实验室“细胞分子生物学实验室”负责人，全国模范教师、上海市教学名师和上海市优秀教育工作者，享受国务院特殊津贴。他长期从事中医实验教学，将科研成果转化为教学，所负责的“实验中医学”系列课程先后荣获国家和上海市精品课程，所负责的课程建设先后荣获国家教学成果二等奖和上海市教学成果一等奖；主编有《实验中医学》、《分子生物学技术在中医药研究中的应用》、《中医药研究常用分子生物学技术》全国统编教材，指导研究生50余人；目前正主持国家精品课程视频公开课课程建设。他所主持的国家到地方的各级科研项目十数项；所主持科研成果先后荣获国家科技进步二等奖、国家中医药管理局科技进步一等奖、中国实验动物科学技术奖三等奖、中国中西医结合学会科技进步三等奖、中华中医药学会科技进步三等奖等国家及部级科技奖励。他主编《中医辨证论治学》、《大鼠/小鼠辨证论治实验方法学》等专著；发表学术论文280余篇。

学科目前主要由3个科室所构成：

1．中医基础理论教研室

教研室成立于1956年，师资力量雄厚，全国著名专家金寿山、张伯讷、吴敦序等教授先后任室主任，并分化出“中医基础学科中心实验室”。继童瑶、李其忠、胡冬裴教授后，张挺副教授现任教研室主任，有教师8名，其中，教授3名，副教授3名，讲师2名。教研室先后荣获上海市教育系统文明组室、上海市文明班组、上海市教育工会教育先锋号等荣誉称号。教研室承担有“中医基础理论”、“中医学基础”、“中医基础理论进展”等课程，每学年约2100学时，教研室老师积极投身教学活动，先后荣获上海中医药大学中青年教师教学竞赛一等奖，上海中医药大学金牌教师、明星教师等光荣称号。多年来培养博士后、博士和硕士研究生27名，完成国家及部局级科研项目9项，在研课题10项；在核心期刊发表论文55篇，出版专著、教材11部；中医基础理论荣获上海市精品课程。

2．实验中医学教研室

教研室成立于2003年，从“中医基础学科中心实验室”分化出来。潘志强副教授任教研室主任，教研室现有教师8人，其中教授2人、副教授2人，讲师4人，其中5人先后赴美国和英国为期一年或以上的长期访问研究。教研室开设“实验中医学”、“分子生物学技术在中医药研究中的应用”、“中医学综合实验”等课程，是两部十一五全国统编教材主编。先后荣获国家教学成果二等奖和上海市教学成果一等奖；“实验中医学”系列实验课程荣获国家精品课程和上海市精品课程，“中医学综合实验”得到国家名牌课程资助。目前正开展国家精品课程视频公开课课程建设。教研室还多年承担本科生探索性实验、本科生创新性实验指导与带教工作。多年来指导的博士后、博士和硕士研究生近60名。教研室承担有多项国家自然科学基金项目，及其他部局级科研项目，国内外公开发表论文300余篇，主编并出版专著8部，荣获1项国家科技进步二等奖、1项国家中医药管理局科技进步一等奖，以及多项部级三等奖；授权发明专利3项，30条完整表达的大鼠基因在GenBank登录，转让2项科技成果。

3．细胞分子生物学实验室

实验室成立于1993年，由中医基础理论教研室分化出来，命名为“中医基础学科中心实验室”，2003年批准为首批国家中医药管理局三级实验室，更名为“细胞分子生物学实验室”。实验室主任方肇勤教授，常务副主任吴中华高级实验师，另有2名教师。实验室同时隶属于学校科研实验中心，长期参与和承担本学科科研工作，并对校内外开放，承担有多项国家自然科学基金等国家到地方的科研项目。